La bande dessinée lui apparaît comme la synthèse de ses deux passions, le dessin et le théâtre, et il crée le personnage de BIZU pour le journal de SPIROU (1967).

Il se voit très vite confier par l'éditeur DUPUIS le scénario et le dessin des aventures de "Spirou et Fantasio" qu'il animera de 1968 à 1981 et dont il réalisera neuf albums (n° 20 à 29, sauf le 24), dont L'Ankou qui se déroule entièrement dans les Monts d'Arrée. Il est à noter que cette aventure de Spirou a été éditée en breton.

Parallèlement, de la même façon que son maître Franquin l'a reçu chez lui et lui a offert des heures et des heures de son temps pour l'aider à devenir auteur, il reçoit dans son atelier de Rennes de nombreux jeunes passionnés de bande dessinée qui deviendront à leur tour des professionnels, et qui ont pour nom Blesteau, Hiettre, Gégé, Malo Louarn, Emmanuel Lepage, Lucien Rollin, Michel Plessix, lesquels passeront le flambeau à d'autre jeunes, alimentant ainsi la belle histoire de la florissante BD bretonne dont on dit qu'elle est née dans l'atelier de Fournier.

L'album des aventures de Spirou, Le Gri-gri du Niokolo-Koba, remporte un vif succès singulièrement au Sénégal où Fournier est convié à trois reprises pour venir animer des stages de BD pour les enseignants, les étudiants et les formateurs en pédagogie. Il se fait d'ailleurs peu à peu une spécialité de l'Afrique, puisque invité à un Festival en Côte d'Ivoire (automne 2003), il y met sur pied et anime des ateliers scolaires. En avril et mai 2004, il organise un stage BD de 17 jours avec des adultes à Yaoundé au Cameroun.

Il abandonne Spirou en 1981, suite à des désaccords avec l'éditeur qui est propriétaire des personnages.